I. Ausgangslage

Die Beschwerdegegnerin (Klägerin vor dem Bundespatentgericht) ist Inhaberin des schweizerischen Patents CH 701755 (B1). Das Patent schützt u.a. einen Durchflussmessfühler (zur Messung der Atemluftströmung). Am 31. Mai 2016 hatte die Beschwerdegegnerin beim Bundespatentgericht geltend gemacht, dass die Beschwerdeführerin (Beklagte vor dem Bundespatentgericht) ihr Patent verletzt hätte. Mit Klageantwort vom 19. September 2016 machte die Beschwerdeführerin insbesondere die Patentnichtigkeit geltend und verlangte die Abweisung der Klage. Die Beschwerdegegnerin antwortete ihn ihrer Replik vom 10. November 2016 auf die Einrede der mangelnden Rechtsbeständigkeit des Patents. Auf Anordnung des Bundespatentgerichts (Instruktionsrichter) war die Replik auf die Thematik der Rechtsbeständigkeit beschränkt. Die Instruktionsverhandlung fand am 20. Dezember 2016 statt. Am 20. März 2017 reichte die Beschwerdegegnerin eine ergänzende Replik ein und schränkte in dieser den Hauptanspruch des Klagepatents eventualiter ein. Die Beschwerdeführerin duplizierte am 6. Juni 2017. Nach einem Fachrichtervotum und weiteren Eingaben der Parteien fand am 29. Oktober 2018 die...