I. Ausgangslage

Am 26. Oktober 2015 erhielt die Beschwerdeführerin – ein Pharmaunternehmen – eine Marktzulassung für das Arzneimittel «Z.».
Am 20. Juli 2017 reichten zwei Klägerinnen (hier die Beschwerdegegnerinnen) – die erste ist Inhaberin eines laufenden ergänzenden Schutzzertifikats (ESZ), welches in der Schweiz auf der Grundlage eines europäischen Patents EP (0 716 606 B1) mit Wirkung für die Schweiz erteilt wurde; die zweite ist exklusive Lizenznehmerin des Patents und des ESZ für die Schweiz und Inhaberin der Marktzulassungen für die Produkte «X.» und «Y.» in der Schweiz – in Prosequierung eines für sie erfolgreichen Massnahmeverfahrens (vgl. S2016 _009 vom 4. Juli 2017) beim Bundespatentgericht eine Klage auf Verletzung des ESZ mit Bezug auf das Produkt «Z.» ein.
Die Beschwerdeführerin argumentierte vor dem Bundespatentgericht, dass das ESZ nichtig sei, weil das Wiedereinsetzungsgesuch in den früheren Stand gemäss Art. 47 PatG der ersten Beschwerdegegnerin vom 14. Dezember 2004 durch das Eidgenössische Institut für Geistiges Eigentum (IGE) zu Unrecht gutgeheissen worden sei.
Mit Urteil vom 12. Juni 2018 hat das Bundespatentgericht die Klage der zwei Beschwerdegegnerinnen gutgeheissen und der Beschwerdeführerin bis zum Ablauf des ESZ verboten, das in der Schweiz durch das Schweizerische Heilmittelinstitut (Swissmedic) zugelassene Arzneimittel «Z.» selbst oder durch Dritte in der Schweiz zu lagern, herzustellen, anzubieten, zu verkaufen oder in sonstiger Weise in Verkehr zu bringen. Das Bundespatentgericht war der Ansicht, dass die Beschwerdeführerin die Wiedereinsetzungsverfügung des IGE hätte anfechten können/sollen, was sie nicht getan habe; diese Verfügung sei daher in Kraft erwachsen. Es hat auch festgestellt, dass die Nichtigkeitsgründe in Art. 140k PatG abschliessend seien. Bei dieser Gelegenheit vermerkte es im übrigen, dass die Beschwerdeführerin nicht bestritten habe, dass ihr Produkt «Z.» ein Generikum des Produktes «Y...